Las banderas jugaron un papel tanto simbólico como funcional durante la Guerra Civil estadounidense . Las banderas de la guarnición y del puesto simbolizaban los ideales y propósitos de la nación, pero funcionalmente también servían para identificar el lugar en el que ondeaban como propiedad del gobierno. Las banderas de las unidades militares servían para mostrar el "alma" de una unidad de combate, pero funcionalmente también brindaban orientación para mantener la alineación en la batalla, para guiar a una unidad hacia adelante o para recuperarla si se dispersaba. Algunas banderas, sin embargo, utilizadas en el territorio por los militares, tenían un papel mucho más funcional que simbólico. Incluían banderas que identificaban un hospital para salvaguardarlo o para dirigir allí a los heridos; banderas que transmitían señales o mensajes a largas distancias; banderas que distinguían los niveles de la estructura de mando en un ejército; banderas que marcan los límites del campo de una unidad de infantería o sus flancos en combate; y banderas que servían de señales para guiar a las compañías de caballería oa las baterías de artillería ligera. Si bien no son tan notables como las banderas de unidad y no son vistas con el mismo entusiasmo por quienes las usaron, estas banderas funcionales son, sin embargo, parte del firmamento de las banderas confederadas.
Las Regulaciones del Ejército de los Estados Unidos de 1861 y su edición revisada del mismo año especificaron que se deben usar banderas rojas para marcar el camino a los hospitales de campaña una vez que ha comenzado una batalla. Párrafo no. 717 que estableció este sistema simplemente dijo:
"Los depósitos móviles a los que se transportan o dirigen a los heridos para su tratamiento inmediato generalmente se encuentran en el edificio más conveniente en las cercanías del campo de batalla. Una bandera roja marca su ubicación, o la forma de llegar, a los conductores de ambulancias y a los heridos que pueden caminar".Este Reglamento estaba en vigor para todo el Ejército Confederado. No obstante, el general GT Beauregard consideró necesario en dos ocasiones recordar la regla a las fuerzas bajo su mando inmediato. Mientras comandaba el Ejército Confederado de Mississippi en marzo de 1862, Beauregard especificó en la Orden General No. 3 del 14 de marzo de 1862 que:
"El depósito móvil al que se transportarán o dirigirán a los heridos para su tratamiento inmediato debe ubicarse en el edificio más conveniente en las cercanías del campo de batalla. Una bandera roja marca su ubicación y la forma de llegar".A medida que los ejércitos crecían en tamaño durante la guerra, identificar a los comandantes tanto en el campo como en los inmensos campamentos ocupados por los ejércitos se convirtió en un problema creciente. La solución a este problema vino con la adopción de uno de dos tipos de bandera, la personal del Cuartel General o la del ejército. El primer tipo, la bandera personal del cuartel general, indicaba la presencia de una persona determinada, independientemente del puesto que ocupase en la estructura de mando de un ejército.